En l'année 1811, Lord Selkirk, un écossais noble et le contrôleur de la Compagnie de la Baie d'Hudson qui avait la juridiction sur le nord-ouest du Canada, établit une colonie non loin du confluent des rivières Rouge et Assiniboine. Selkirk cherchait une région agricole pour les fermiers qui avaient été forcés hors de leurs fermes en Écosse.
Les métis et les autochtones ont vu cet octroi de terre comme un acte hostile. Après tout, ils avaient été sur ces terres pendant des années dans le commerce des fourrures avec la Compagnie du Nord-Ouest. Ils étaient très inquiète que ces colons conduiserais à la mort le bison des prairies qui était leur source principale de nourriture.
La colonie devient témoin des attaques constantes des métis et de la Compagnie du Nord-Ouest, adversaire de la Compagnie de la Baie d'Hudson.
Car les temps de paix étaient fragiles, Lord Selkirk apporte des troupes allemandes et suisses pour la protection. Pour celà, il donnerait à ceux-ci du terrain agricole. Il demande alors au Père Provencher de Montréal d'établir une mission l'autre bord de la rivière du Upper Fort Garry pour servir les autochtones et les métis qui vivaient là. Ce fût ainsi que le prêtre acceptera et vient dans l'ouest.
En 1818, le Père Provencher établit une chapelle de 30 pieds par 50 pieds l'autre bord de la rivière Rouge du Upper Fort Garry et consacre cette mission à Saint Boniface en l'honneur du régiment des Meurons.
Quelques années après, en 1820, une plus grande chapelle a été construite. La mesure était de 100 pieds par 33 pieds. Le Père Provencher devient évêque en 1822 et consacre cette église. Elle ainsi devient la première cathédrale.
En 1832, Père Provencher a construit la deuxième cathédrale sur cet endroit. La cathédrale brûle en 1860, et une troisième serait construite en 1862 par Mgr Taché. Elle suffirait pendant beaucoup d'années, et en 1905-1908, la quatrième serait construite car la population augmentait. Conçue par les architectes de Montréal, Marchand et Haskell, cette cathédrale, benie par Mgr Langevin, était le meilleur exemple de l'architecture romanesque française au Manitoba. Tristement, elle a été ravargée par le feu le 22 juillet, 1968.
La cathédrale actuelle, bénie par l’archevêque Baudoux en 1972, a été conçue par l’architecte franco-manitobain Étienne Gaboury. Elle intègre la sacristie, la façade et les murs de l’ancienne basilique.
Les tombes des évêques de Saint-Boniface sont dans le crypte de l’édifice.
Louis Riel, comme un bon nombre des premiers colons, personnages importants et prêtres catholiques de l’ouest, est enterré ici dans le plus vieux cimetière catholique de l’ouest canadien.